În anul universitar 1990-1991 Facultatea de Hidrotehnică și-a reprimit statutul independent în cadrul Institutului Politehnic Iași. Ea a început să funcționeze cu 4 specializări, dintre care două existente (Îmbunătățiri funciare cu noua denumire de Îmbunătățiri Funciare și Dezvoltare Rurală (IFDR) și specializarea Construcții Hidrotehnice (CH)) la care s-au adăugat specializările Ingineria Mediului și Cadastru, toate cu forma de învățământ cursuri de zi și durata studiilor de 5 ani.
Din anul 1994 la aceste patru specializări s-a adăugat și specializarea Inginerie sanitară și protecția mediului (ISPM).
În noua structură care se menține și în prezent, Facultatea de Hidrotehnică, Geodezie și Ingineria Mediului pregătește ingineri în specializări ce fac parte din trei profile:
- Profilul construcții (inginerie civilă): specializările Amenajări și Construcții Hidrotehnice, Îmbunătățiri Funciare și Dezvoltare Rurală, Inginerie Sanitară și Protecția Mediului;
- Profilul Ingineria mediului: specializarea Amenajări pentru Protecția Apei și Solului
- Profilul Geodezie: specializarea Cadastru
Din anul 1994-1995 a funcționat în cadrul Facultății ciclul de studii aprofundate cu durata de un an, cu două direcții de specializare din profilul construcții (Inginerie civilă) respectiv Siguranța lucrărilor hidrotehnice (SLH) și Gestiunea perimetrelor irigate (GPI), la care s-a adăugat din anul universitar următor și direcția de specializare Monitoringul şi controlul poluării şi calamităţilor (MCPC).
Din anul universitar 2000-2001 până în anul 2009-2010 au fost organizate studii de masterat (cursuri postuniversitare) la aceleași specializări ca și în cazul studiilor aprofundate, respectiv Siguranţa lucrărilor hidrotehnice (SLH ), Gestiunea perimetrelor irigate (GPI) și Monitoringul şi controlul poluării şi calamităţilor (MCPC).
Din anul 2005 s-a adoptat forma europeană de studii care pune în practică Convenția de la Bologna, cu trei cicluri de învățământ: licenșă (cu durata de 4 ani), master (cu durata de 2 ani) și doctorat (cu durata de 3 ani). Adoptarea programului Bologna a impus și denumirea actuală a Facultății.
Din anul universitar 2009-2010 și în prezent, Facultatea organizează studii universitare de master din structura programului Bologna, cu specializările: Inginerie Hidrotehnică (IH), Modernizarea Sistemelor Hidrotehnice, Hidroameliorative şi Hidroedilitare (MSHHH), Ingineria şi Monitoringul Factorilor de Mediu (IMFM) și, începând cu anul universitar 2011-2012, și specializarea Geomatică şi Cartografie (GC).